합병이라면 소멸회사는 해산등기를, 존속회사는 변경등기를 한다(상법 제528조 제1항). 주식교환에는 사라지는 회사가 없다.
가상의 예로 갑 회사가 을 회사 주주들의 주식을 전부 넘겨받고 갑의 신주를 내주는 주식교환을 했다. 을의 대표이사는 해산등기가 필요한지 묻는다.
을은 해산하지 않는다. 회사는 주식교환으로 다른 회사의 발행주식 총수를 소유하는 완전모회사가 될 수 있고, 그 다른 회사를 완전자회사라 한다(상법 제360조의2 제1항). 을의 주식은 교환하는 날 갑으로 옮겨 가고, 을의 주주는 갑의 신주를 배정받거나 자기주식을 이전받아 갑의 주주가 된다(같은 조 제2항). 을은 주주만 갑으로 바뀐 채 존속하고, 주주는 등기사항 목록에 없어(상법 제317조 제2항) 을의 등기부는 그대로다.
등기는 갑 쪽에서 생긴다. 신주를 발행했다면 자본금과 발행주식 총수가 바뀌어 본점 소재지에서 2주 안에 변경등기를 한다(상법 제317조 제4항 · 제183조). 신청은 갑의 대표이사가 하고(상업등기법 제23조 제1항), 주식교환계약 정보, 을의 주주총회 또는 이사회 의사록, 자본금 한도액 증명 정보, 주권 실효 공고 증명 정보 등을 낸다(상업등기규칙 제146조). 갑의 자본금은 교환일 을의 순자산액에서 을 주주에게 줄 금전 등의 가액과 넘겨준 자기주식 장부가액을 뺀 금액을 넘겨 늘릴 수 없고(상법 제360조의7 제1항), 갑이 을 주식을 일부 갖고 있었다면 한도는 새로 이전받는 주식 비율로 줄어든다(같은 조 제2항).
갑이 자기주식만 넘겨 자본금과 발행주식 총수가 그대로라면 그 변경등기는 없다. 계약서에 갑의 새 이사 · 감사를 정했다면(상법 제360조의3 제3항 제9호) 그 취임등기를 한다. 갑의 기존 이사 · 감사는 계약서에 다른 정함이 없으면 교환 뒤 처음 오는 결산기의 정기총회가 끝날 때 퇴임하므로(상법 제360조의13) 그때 퇴임등기도 이어진다.
을은 임원이 그대로면 등기할 것이 없고, 갑은 교환일부터 2주를 센다.
