가상의 사례다. D가 상속받은 토지의 등기사항증명서를 떼어 보니 같은 토지에 E 명의 보존등기로 시작하는 등기기록이 하나 더 있었다. 어느 기록이 남을까.
부동산등기법 제21조 제1항은 등기관이 같은 토지에 중복된 등기기록을 발견하면 대법원규칙에 따라 그중 하나를 폐쇄하도록 한다. 다만 중복등기의 정리에 관한 사무처리지침(등기예규 제1431호) 1.라는 기재 착오나 분필·합필 과정의 착오로 지번만 같아진 외관상 중복은 중복등기로 처리하지 않는다.
폐쇄할 기록은 규칙이 정한 순서로 가린다. 최종 소유명의인이 같으면 원칙적으로 나중에 개설된 기록을 닫는다(부동산등기규칙 제34조). 명의인이 달라도 한쪽이 다른 쪽 명의인에게서 직접 또는 전전하여 소유권을 넘겨받았다면, 넘겨준 쪽 기록이 나중 기록이거나 다른 권리 등기가 없는 먼저 기록일 때 그 기록을 닫는다(제35조). 한쪽에만 원시취득이나 분배농지 상환완료를 원인으로 한 이전등기가 있으면 그 기록만 남긴다(제36조 제1항). 어디에도 해당하지 않으면 각 최종 소유명의인과 이해관계인에게 1개월 이상의 이의기간을 통지하고, 이의하지 않은 쪽 기록을 닫는다(제37조 제1항·제2항). 그래도 정리되지 않으면 대장과 일치하지 않는 기록을 닫는다(같은 조 제3항).
이 정리가 누구의 땅인지를 정하지는 않는다. 부동산등기규칙 제33조 제2항은 중복등기기록의 정리가 실체의 권리관계에 영향을 미치지 않는다고 정한다. 폐쇄된 쪽 명의인이나 이해관계인은 남은 기록의 최종 소유명의인 등을 상대로 그 토지가 폐쇄된 쪽 명의인의 소유임을 확정하는 판결을 받아 기록의 부활을 신청할 수 있다(제41조 제1항).
D는 두 기록의 최종 소유명의인, 서로의 이전 관계, 원시취득 원인 등기, 근저당 등 다른 권리의 위치를 맞대어 보고 토지대장의 소유자 변동과 비교한다. 최종 소유명의인은 같은 예규 2.가에 따라 정리의 직권발동을 촉구하는 신청을 할 수 있고, E와 소유를 다툰다면 판결까지 준비한다.
