바닷가 땅 한 필지가 지형 변화로 바다가 됐다고 가정해 보자. 지적소관청에서 토지대장의 등록을 말소했다는 통지를 받았는데, 등기사항증명서에는 아직 그 필지가 보인다. 대장의 등록말소와 등기기록의 폐쇄는 각각 어느 기관이 처리할까.
땅이 바다로 변해 원래 상태로 회복할 수 없거나 다른 지목의 토지가 될 가능성이 없으면, 지적소관청은 대장에 등록된 소유자에게 등록말소를 신청하라고 통지한다. 소유자가 통지를 받은 날부터 90일 안에 신청하지 않으면 지적소관청이 직권으로 말소한다(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제82조 제1항 및 제2항, 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 시행령 제68조 제1항).
지적소관청은 그 말소에 따라 등기를 정리해야 하면 관할 등기관서에 지체 없이 등기를 촉탁한다(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제89조 제1항). 토지 소유권의 등기명의인에게도 멸실 사실이 있는 때부터 1개월 안에 멸실등기를 신청할 의무가 있다(부동산등기법 제39조). 직접 신청할 때에는 멸실을 증명하는 토지대장이나 임야대장 정보를 붙인다(부동산등기규칙 제83조).
등기관이 멸실등기를 하면 표제부에 멸실의 뜻과 원인을 적고 말소 표시를 한 뒤 그 필지의 등기기록을 닫는다(부동산등기규칙 제84조 제1항). 공동담보였다면 목록이 있을 때는 목록에, 없을 때는 남은 땅의 등기기록 해당 구에 멸실을 적고 종전 담보 기록에서 멸실 필지의 표시에 말소 표시를 한다(부동산등기규칙 제84조 제2항 및 제3항).
촉탁으로 등기기록이 이미 닫혔다면 다시 신청할 필요는 없다. 아직 닫히지 않았다면 대장 정보를 준비해 멸실 사실이 있는 때부터 1개월 안에 신청할 수 있도록 등기소에 바로 확인한다. 대장 말소 통지를 받은 날이 등기 신청 기한의 시작이라고 곧바로 볼 수는 없다. 일시 침수인지 토지 자체가 멸실한 것인지는 그 사실부터 가려야 한다.
