연대납세의무자인 법정상속인 중 한 명 이상이 취득세를 냈고 그에 따른 상속등기를 아직 마치지 않았다면, 협의를 다시 해 집을 받을 상속인이 바뀌어도 그 변경으로 새 취득세 납부의무가 생기지 않는다. 종전에 납부한 취득세영수필확인서를 붙여 상속등기를 신청할 수 있다(등기예규 제1871호 제33조 제1항 제3호).
이 처리는 해당 부동산의 상속 취득세를 이미 냈고, 그에 따른 상속등기는 마치지 않은 상태에서 분할 내용을 바꾼 경우에 적용된다. 예를 들어 처음에는 형이 아버지 집을 받기로 해 취득세를 냈지만, 등기 전에 형제가 다시 합의해 동생이 같은 집을 받기로 했다고 하자. 등기에는 동생이 집을 받기로 한 최종 협의서를 내고, 그 집에 대해 종전에 납부한 취득세의 영수필확인서를 첨부할 수 있다.
상속분을 확정해 등기한 뒤 다시 나눠 어떤 상속인이 당초 몫을 넘겨 받으면, 별도 예외가 없는 한 그 초과분을 증여받아 취득한 것으로 본다(지방세법 제7조 제13항). 취득세 납부일만 확인하면 두 경우를 혼동하기 쉽다. 먼저 등기사항증명서 갑구에서 해당 부동산에 상속으로 인한 이전등기가 이미 마쳐졌는지를 살펴보자.
영수필확인서의 부동산 표시와 납부 내용을 읽고, 최종 협의서에 적힌 부동산과 같은지 대조한다. 집합건물이라면 주소가 같아도 동·호수가 일치하는지 살펴보자. 누가 취득세를 냈는지는 영수필확인서에서, 최종적으로 누가 소유권을 받을지는 협의서에서 확인할 사항이다. 납부한 내역이 확인되지 않거나 이전 협의와 최종 협의에 적힌 부동산이 다르다면, 먼저 관할 시·군·구에 해당 부동산의 납부 내역과 신고 처리 상태를 확인해 보자.
