가령 E가 자기 땅 두 필지를 토지대장에서 합병했다. 합필등기 전에 한 필지에만 은행 근저당권설정등기가 마쳐졌다. 은행 등 등기기록상 이해관계인의 승낙을 받으면 종전 담보 필지 몫의 지분에 근저당을 남기는 합필등기를 신청할 수 있다(부동산등기법 제38조 제2항 · 등기예규 제1820호).
저당권이 모든 합필 대상 토지에 있고 등기원인과 그 연월일, 접수번호가 같으면 그 저당권은 합필을 막지 않는다. 한 필지에만 있는 근저당은 원칙적으로 합필을 막는다(부동산등기법 제37조 제1항 제2호). 토지대장의 합병일과 등기기록의 설정등기 접수일을 대조한다. 합병 전에 이미 등기됐거나 승낙을 받지 못했다면 이 특례를 쓸 수 없다. 요역지에 등기된 지역권은 특례를 적용하더라도 합필 후 토지 전체를 위한 지역권으로 신청한다(부동산등기법 제38조 제2항 단서).
두 필지의 소유자가 여전히 E라면 E가 단독으로 신청한다. 대장 합병 뒤 합필등기 전에 한 필지의 소유권이전등기까지 마쳐 소유자가 달라졌다면 E와 매수인이 이해관계인의 승낙을 받아 합필 후 토지를 공유로 하는 합필등기를 공동으로 신청한다(부동산등기법 제38조 제1항 · 등기예규 제1820호 2.가).
토지대장 등본을 준비하고, 신청서 · 소유자 확인서 · 은행 등 이해관계인 승낙서에 적는 합필 후 지분을 맞춘다. 확인서에는 종전 토지의 소재지번 · 지목 · 면적도 적는다(등기예규 제1820호 4.). 방문신청은 소유자와 승낙한 제3자의 인감증명을 붙이는 것이 원칙이다. 해당 서면이 공정증서이거나 서명 또는 날인 사실에 대해 공증인의 인증을 받았다면 그 서면에 대한 인감증명은 생략할 수 있다(부동산등기규칙 제60조).
토지 소유권의 등기명의인은 토지 합병이 있은 때부터 1개월 이내에 합필등기를 신청해야 한다(부동산등기법 제35조).
